Pemerintah kabupaten Natuna dibentuk berdasarkan Undang-Undang Nomor 53 Tahun 1999 tentang Pembentukan Kabupaten Pelalawan, Kabupaten Rokan Hulu, Kabupaten Rokan Hilir, Kabupaten Siak, Kabupaten Karimun, Kabupaten Natuna, Kabupaten Kuantan Singgingi dan Kota Batam.
Berdasarkan undang undang tersebut, untuk menjalankan roda pemerintahan di Kabupaten Natuna, sebagai bagian dari manajemen pemerintahan maka dibentuklah lembaga yang mempunyai fungsi pengawasan dengan nomenklatur Badan Pengawas Daerah sesuai dengan Perda Nomor 14 Tahun 2001 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengawas Daerah dan Perubahan kedua Perda Nomor 26 Tahun 2005.
Mulai tahun tahun 2008 sesuai Perda Nomor 38 tahun 2008 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Badan dan Lembaga Teknis Daerah Kabupaten Natuna, dan melalui perubahan kedua dengan Perda Nomor 5 tahun 2011, terakhir melalui Perda Nomor 63 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Sekretariat Daerah, Sekretariat Dewan, Inspektorat dan Badan Kabupaten Natuna. Badan Pengawas Daerah berubah nomenklatur menjadi Inspektorat Kabupaten
Inspektorat Daerah Kabupaten Natuna adalah lembaga internal pemerintah daerah yang bertugas melakukan pengawasan, evaluasi, dan pengendalian terhadap kinerja instansi pemerintah di Kabupaten Natuna. Tugas Inspektorat Daerah Kabupaten Natuna meliputi pengawasan atas efektivitas, efisiensi, transparansi, dan akuntabilitas pelaksanaan kebijakan dan program pemerintah daerah, serta melakukan pemeriksaan terhadap pengelolaan keuangan dan barang daerah.
Beberapa fungsi Inspektorat Daerah Kabupaten Natuna antara lain adalah:
- Melakukan pengawasan atas pelaksanaan tugas dan fungsi setiap instansi pemerintah daerah.
- Menyusun program pengawasan dan evaluasi kinerja instansi pemerintah daerah.
- Melakukan pemeriksaan terhadap pengelolaan keuangan dan barang daerah.
- Memberikan rekomendasi dan saran kepada kepala daerah dan instansi pemerintah daerah terkait tindakan yang harus diambil untuk memperbaiki kinerja instansi tersebut.
- Melaksanakan tindakan koordinasi dan kolaborasi dengan instansi pemerintah daerah lainnya dalam rangka menjaga efektivitas pengawasan dan pengendalian di Kabupaten Natuna.
Dalam menjalankan tugasnya, Inspektorat Daerah Kabupaten Natuna harus bertindak independen dan profesional tanpa adanya intervensi dari pihak lain.